Tiến sĩ Trần Văn Huy mất vào ngày 21 tháng 6 năm Ất Tỵ (1485)[cần dẫn nguồn], được vua ban tên Thụy là Dụ Phúc tướng công, về sau mộ ông được đưa về an táng bên cạnh mộ mẹ Trần Thị Hướng. Hiện nay hai ngôi mộ được đặt sau đền thờ mẹ Trần Thị Hướng tại thôn Liên Hoa, xã Thượng Nông, huyện Tam Nông, tỉnh Phú Thọ.[1]

Đền thờ Tiến sĩ Trần Văn Huy được xây dựng khang trang rộng rãi sạch đẹp bên cạnh đền thờ mẹ Trần Thị Hướng nay có tên gọi là nhà thờ Đặng Đại Tôn, tọa lạc trên đất thôn Liên Hoa, xã Thượng Nông, huyện Tam Nông. Hàng năm cứ đến ngày 21 tháng 6 âm lịch, con cháu dòng họ Đặng Trần cả nước nô nức về cội nguồn dự lễ dâng hương bái tổ. UBND tỉnh đã ra Quyết định số 1778 QĐ-UBND ngày 20-5-2011 cấp Bằng di tích văn hóa cho Đền thờ Tiến sĩ Trần Văn Huy ông tổ họ Đặng Trần mà từ trước tới nay nhân dân trong vùng vẫn thường gọi là quan Thượng Bợ.